Guðni là con trai của giáo viên kiêm nhà báo Margrét Thorlacius và giáo viên thể dục Jóhannes Sæmundsson.[2] Anh trai của ông, Patrekur Jóhannesson là một cựu cầu thủ bóng ném quốc gia.[2] Guðni chơi bóng ném lúc trẻ (tại Iceland lẫn Anh Quốc).[2][3]

Guðni tốt nghiệp Menntaskólinn í Reykjavík vào năm 1987 và lấy bằng cử nhân lịch sử và khoa học chính trị tại Đại học Warwick ở Anh vào năm 1991 và Thạc sĩ nghệ thuật trong lịch sử của trường Đại học Iceland vào năm 1997.[2] Hai năm sau đó, ông đã có bằng thạc sĩ lịch sử từ Đại học Oxford.[1] Năm 2003, ông nhận bằng tiến sĩ lịch sử từ Queen Mary, Đại học London.[4]